Curso de Investigación Reproducible con R y RStudio

Motivación

Gran parte de los resultados y procedimientos empleados a día de hoy en materia de investigación están siendo cuestionados por su falta de transparencia. Como resultado, gran parte de la literatura científica se está poniendo en duda y los procedimientos de investigación científica actuales están siendo cuestionados dando lugar a una crisis que afecta a las bases de la ciencia tal y como se entiende a día de hoy. Los profesionales en análisis y manejo de datos estamos llamados a jugar un papel crucial dentro de esta crisis.

El presente curso introduce la problemática de la reproducibilidad en la investigación científica desde el enfoque de los analistas de datos. Describimos y abordamos este problema así como el papel que hemos de desempeñar los profesionales del análisis de datos dentro de esta crisis. Ser consciente de este problema, así como de las herramientas para atajarlo es la principal manera de combatirlo. Ese es el principal cometido de este curso, desde la perspectiva de los analistas de datos. Además de la introducción del problema de la reproducibilidad, el curso introduce un gran número de herramientas de R y RStudio para abordarlo en nuestros propios análisis y dar un mejor tratamiento a este aspecto de nuestra propia investigación científica.

Orientación

Profesionales de análisis de datos con experiencia en R y, a ser posible, en RStudio. Consideramos la experiencia en R un requisito previo para el curso.

Programa

El programa del curso se divide en 9 temas:

  1. Reproducibilidad: el problema desde la perspectiva del analista de datos (1.5 horas).
  2. Algunas herramientas básicas para la reproducibilidad en R y RStudio (1.5 horas).
  3. Informes reproducibles con R Markdown (3 horas).
  4. Más allá de la reproducibilidad: replicabilidad y otras cuestiones relativas a la validez de la investigación (1.5 horas).
  5. Informes interactivos (3 horas).
  6. Aplicaciones web con Shiny (4.5 horas).
  7. P-valores y su crisis (1.5 horas).
  8. Uso e implementación de paquetes en R (4.5 horas).
  9. Herramientas de control de versiones para compartir código: Git y GitHub (4.5 horas).

Profesorado

  • Paloma Botella Rocamora. Área de Epidemiología, Dirección General de Salud Pública.
  • Francisca Corpas Burgos. Área de Desigualdades, FISABIO.
  • Gonzalo García-Donato Layrón. Universidad de Castilla-la Mancha.
  • Miguel Ángel Martínez Beneito. Área de Desigualdades, FISABIO.
  • Hèctor Perpiñán Fabuel. Área de Desigualdades, FISABIO.
  • Jordi Pérez Panadés. Área de Epidemiología, Dirección General de Salud Pública.
  • Carlos Vergara Hernández. Área de Desigualdades, FISABIO.

Fechas y lugar de celebración

El curso se impartirá la semana del 5 al 9 de junio de 2017 (un total de 25 horas lectivas), en la biblioteca de FISABIO. Las sesiones de los días 5 y 9 de junio serán solo en horario de tarde y mañana, respectivamente.

El horario previsto es el siguiente:

Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes
9:00-10:30 R Markdown
F Corpas
Replicabilidad
MA Martínez
P-valores
G García-Donato
Git-GitHub (I)
C Vergara
10:30-10:45 Descanso Descanso Descanso Descanso
10:45-12:15 1ª práctica
R Markdown
Shiny (I)
H Perpiñán
Paquetes en R (I)
G García-Donato
Git-GitHub (II)
C Vergara
12:15-12:30 Descanso Descanso Descanso Descanso
12:30-14:00 Informes interactivos
P Botella
Shiny (II)
H Perpiñán
Paquetes en R (II)
C Vergara
5ª práctica
Git-GitHub
14:00-15:30 Comida Comida Comida
15:30-17:00 Reproducibilidad
MA Martínez
2ª práctica
Informes interactivos
3ª práctica
Shiny
4ª práctica
Paquetes en R
17:00-17:15 Descanso
17:15-18:45 Herramientas básicas
J Pérez

Organización

  • Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (FISABIO).
  • Sociedad Española de Biometría (SEB).
  • Sociedad Española de Epidemiología (SEE).

Inscripción

Para inscribirte en el curso debes enviarnos un correo electrónico con la siguiente información:

  • nombre y apellidos,
  • institución,
  • titulación,
  • dirección de correo electrónico de contacto,
  • teléfono de contacto,
  • condición de miembro de la SEB o de la SEE.

La inscripción en el curso tiene un coste de 300 €. No obstante, se aplica un descuento de 50 € a quienes sean miembros de la SEB o de la SEE. Este descuento es acumulable, es decir, la cuota de inscripción del curso para quienes pertenezcan a las dos sociedades es de 200 €. Además, ambas instituciones ofertan varias becas de inscripción al curso entre sus miembros: puedes encontrar más información sobre estas becas en las páginas web de ambas sociedades (información de la SEE, información de la SEB).

Alojamiento y transporte

Las instalaciones principales de FISABIO se ubican en la Av. Catalunya nº 21.

Dispones de tres alternativas de transporte público para llegar a FISABIO:

  • Metro: puedes emplear las líneas 4 y 6 (parada “Universitat Politècnica”), la línea 3 (parada “Benimaclet”) o la línea 5 (parada “Aragón”).
  • Bus: las líneas más próximas son la 29 y la 41 (parada “1901 – Catalunya - Vicent Zaragoza”), aunque dada la proximidad del edificio con algunas arterias de la ciudad, no resulta difícil hacer algún trasbordo.
  • Bici: si te animas y el tiempo acompaña, puedes contratar un abono semanal para el alquiler de bicicletas municipales por 13.30 € (más información en la web de Valenbisi), dando la casualidad de que junto al edificio hay una estación donde adquirirlas o depositarlas tras su uso.

Respecto al alojamiento, puedes ver diferentes opciones aquí o contactar con una agencia de viajes. Nosotros te sugerimos (no nos llevamos ninguna comisión) dos opciones, una opción céntrica y otra cercana a FISABIO.

Contacto

Si deseas realizar una consulta relacionada con el curso, puedes hacerlo escribiendo un correo electrónico a martinez_mig@gva.es

Importante

Dado que el número de plazas son limitadas, estas se asignarán por orden de inscripción y pago.